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開元寺建於西元1680年（明永曆34年），原名北園別館，原是鄭經在台灣的行館和安養母親董氏的地方，清廷領台後，由駐台灣總兵王化行及台廈將此地改為佛寺，初名為「海會寺」，於咸豐九年正式定名為「開元寺」，為台南地區四大佛寺之一～

開元寺是純粹的佛教寺院，規模相當寬大，為四殿兩廂房形式，建築物計由山門、第一進三川殿、第二進彌勒殿、第三進大雄寶殿、第四進大士殿（近代建築）依次排列而成，寺內有名井一口，稱為（鄭經井），寺中庭院種有七弦竹一叢，相傳為鄭成功之原配董氏親手所植～

開元寺從北園別館開始到創寺至今，已有三百多年的歷史，其間經過大大小小的整修多次，目前的開元寺於2000年完成整修，整體環境清幽雅致，建築新舊並陳，若以出家人的角度來看，這裡是個清修的宜地，但以古蹟的角度來看，卻是破壞處處，令人覺得相當惋惜！！